mms.cfgファイルに記述するのは、あくまでAdobeが提供するNPAPIのFlash Playerのオプション設定です。
Windows 8以降のInternet Explorerには、ActiveXコントロールプラグインとしてのFlash Pluginが組み込まれています。
これはMicrosoft社が独自に組み込むものですので、インストールについてはAdobeがコントロールできる立場にはありません。
Google Chromeも同様で、Google社がChromeアップデートとともに独自のPPAPIとしてFlash Pluginを組み込んでいます。
IEでは一般的には、インターネットオプションのセキュリティタブにある「ActiveXコントールとプラグイン」の設定を変更することでしょうか。
また、ツールメニューからアドオンの管理→すべてのアドオンで設定してみてください。