何点か確認させてもらえますか。
1. 利用しているソフトはAcrobat XIではなくAdobe Reader XIでよろしいでしょうか
2. Adobe Readerでは注釈以外の入力ができませんが、PDFのフォーム等をご利用でしょうか
3. ファイル＞プロパティ＞セキュリティの「文書に関する制限の概要」はどのような設定になっていますでしょうか
（「この文書は、Adobe Reader上で拡張機能を有効にするために～」という記載はありますか？）
4. 保存が反映される部分と反映されない部分で何か違いはありますか？
ソフトの問題、設定の問題、ファイルのセキュリティの問題などが考えられますので、よろしければお知らせください。